Podle novin Shanakhan negativně a hrubě mluvil o F-35 a také tvrdil, že Lockheed Martin vůbec „neví, jak realizovat jakýkoli program".„Kdyby ji Boeing obdržel (program na výrobu víceúrovňových stíhačů], byla by mnohem lépe vykonána," citoval zdroj úřadujícího šéfa. Pentagonu.

Jak deník připomněl, v polovině roku 2017, kdy Shanakhan začal pracovat u Pentagonu, podepsal dohodu, podle níž se zavázal, že nebude rozhodovat o otázkách souvisejících jakýmkoli způsobem se svým bývalým zaměstnavatelem. Ale to, řekl zdroj Politico, mu nezabránilo na schůzkách na ministerstvu obrany, aby se pozitivně neodvolával na Boeing a nadával jeho konkurentům, jako je Lockheed Martin.

Na jaře roku 2017 americký prezident Donald Trump jmenoval Shanahana za místo prvního náměstka šéfa Pentagonu. Po schválení senátem Kongresu USA nastoupil do úřadu 19. července 2017. 20. prosince 2018 vedoucí Bílého domu oznámil na Twitteru, že James Mattis odešel z funkce hlavy Pentagonu. Shanahan byl jmenován výkonným ministrem obrany.

F-35 je víceúčelový bitevnik navržený s využitím technologií stealth ke snížení viditelnosti radaru. Spolu se Spojenými státy se na projektu svého vzniku podílí osm zemí: Austrálie, Velké Británie, Dánsko, Itálie, Kanada, Nizozemsko, Norsko a Turecko. Spojené státy mají v úmyslu získat 2,443 stíhaček F-35 ve třech verzích - F-35A (základní stíhač), F-35B (stíhací letoun s krátkým vzletem a přistáním), F-35C (varianta pro letadlové lodě). Vzhledem k potvrzeným a odhadovaným zahraničním objednávkám celkový počet stíhaček, který má být vyroben, přesáhne 3,1 tisíc kusů.

Nicméně stíhačku F-35 pronásledují neustálé technické problémy a odborníci označili jeho předražený vývoj (400 miliard dolarů) a konečný výsledek za naprostý „propadák“. Navíc poukazují na to, že starší letouny F-22 mají lepší vlastnosti, a co je ještě horší, že v mnoha parametrech nový americký stroj páté generace zřejmě překonávají i nové ruské stíhačky.