Nejpočetnější novoutrakvisté vyrůstali z církve podobojí a formálně podobojími stále byli. To jim propůjčovalo legitimitu založenou na bazilejských kompaktátech (1436). Z církve podobojí vyrostla i Jednota bratrská (1457). Její teologie - zejména zřeknutí se římského svěcení - ji však vyvedla z ochranné zóny kompaktát. Byla pokládána za sektu a často, i když ne trvale, pronásledována. Luteráni se rekrutovali z novoutrakvistů oslovených německou reformací (1517). Pro tu bylo příznačné, že kladla autoritu Bible nad církevní úřad, jehož váha tak byla relativizována.

    

Římská církev ovládala společnost svým světícím monopolem. Podobojí si sice po husitských válkách vybudovali svou náboženskou strukturu, bez biskupského svěcení to však byl jen prázdný obal. Jan Rokycana i jeho nástupce Václav Koranda byli Čechy sice řádně zvoleni, kněze do církve podobojí však mohli uvádět pouze biskupové podjednou. Ti ovšem toto počínání podmiňovali sliby, které se podobojím příčily. Současně dbali na to, aby těch kněží nebylo mnoho. Přímý dohled Říma v zemi prostředkoval papežský legát. Ten rovněž autoritativně tlumočil a prosazoval jeho vůli. Když se Jiří z Poděbrad vzepřel papežovu rozhodnutí zrušit kompaktáta, papež ho roku 1467 obžaloval z kacířství, proklel a vyhlásil proti Čechám křížovou výpravu. Jiřík však v boji obstál a kompaktáta obhájil.
    

Nadnárodní moc duchovní, usilující vrátit Země koruny české do hlavního evropského proudu, pracovala ruku v ruce s nadnárodní mocí světskou. Nejvyšší úřady v zemi svěřil císař Zikmund po husitských válkách katolíkům podjednou. Klíčové pozice tak ovládla majetná, nikým nevolená menšina, nacházející se v zásadním rozporu s většinovým nasměrováním národa. Nábožensko-politický tlak církev podobojí zvolna rozděloval. Takzvaní staroutrakvisté začali směřovat do římské církve. Početnější novoutrakvisté se vůči Římu naopak stále více vymezovali. Konzistoř podobojí ovšem ovládali staroutrakvisté. Její členy totiž schvaloval a později dokonce vybíral panovník. Nespokojenost s vedením neodpovídajícím vůli většiny kněží i věřících uspíšila přechod novoutrakvistů k luterství.
   

 Každý z uvedených reformních proudů měl své důrazy. Leccos na těch druhých viděly kriticky. Tím, v čem se shodovaly, si zase snadno konkurovaly, takže si od sebe po určitou dobu držely odstup. Na jedné lodi se církve budoucí České konfese poprvé ocitly v době šmalkáldských válek (1546-47). Ferdinand I. tehdy vyzval jejich stavovské představitele, aby vyslali vojska proti svým německým luterským souvěrcům. A oni odmítli. Ferdinand I. je zato po katolickém vítězství krutě potrestal. Od poprav, přes konfiskace, vypovězení ze země, omezení stavovských práv, svobody tisku, až po obnovení Svatojakubského mandátu, kriminalizujícího Jednotu bratrskou.
    

Zatímco na západ od nás mohli luteráni po uzavření Augsburského míru (1555) legálně budovat svou na Římu nezávislou církev, v  Čechách se Ferdinand I. snažil reformační pohyb zastavit. Za tím účelem do země pozval a štědře podporoval jezuitský řád. Ten svou rekatolizační roli zprvu popíral a zaštiťoval se vzděláváním, které skutečně na úrovni poskytoval. Spolu s ním však ve svých žácích pěstoval i elitářsky nadřazeneckou etiku. Rekatolizace byla rovněž předním úkolem arcibiskupa, vyslaného Římem do Prahy roku 1561. Ten nejprve vysvětil několik kněží podobojí. Pak je chtěl ovšem předem zkoušet a rozhodovat o jejich kompetentnosti. Snažil se rovněž překrýt hojně slavený svátek M. J. Husa svátkem jiné podobojími respektované osoby.
    

Roku 1564 Ferdinand I. zemřel, na trůn usedl jeho syn Maxmilián a papež ve snaze získat si národ laskavostí povolil vysluhování podobojí. Novoutrakvisté si však už zvykli obracet se se svěcením svých kněží na luterské konsistoře v Německu. Uvedené papežské povolení ovšem stavům podobojí umožnilo zrušit na zemském sněmu roku 1567 kompaktáta. Ta je totiž svými odkazy na „starobylé zvyklosti“ v postupujícím reformačním procesu stále více svazovala. Roku 1571 císaře požádalo 60 stavů o svobodu pro luterány, kteří ji již v německých zemích měli. Císař jejich požadavek odmítl. Stavové podobojí se proto rozhodli spojit a předložit mu žádost o svobodu vyznání pro všechny podobojí, tedy novoutrakvisty, luterány a Jednotu bratrskou. Učinili tak na zemském sněmu roku 1575.
    

Sněmu se účastnilo 90 pánů, z nich 13 katolíků, 2 staroutrakvisté, 69 novoutrakvistů a 6 Bratří. Ze 135 rytířů bylo 17 katolíků, 3 staroutrakvisté, 100 novoutrakvistů a 16 Bratří. Novoutrakvisté a luteráni převládali i v zastoupení měst. Při uvedeném rozložení sil byl sněm místem, kde měl návrh politickou sílu a mohl projít. 7. března přednesl nejvyšší sudí, luterán Bohuslav Hasištejnský z Lobkovic jménem stavů podobojí císaři žádost, by je zachoval při jejich starém náboženství, od M. Jana Husi obnoveném a v Augsburgu léta 30. vyznalém. Strana podjednou to po poradě s arcibiskupem a jezuity císaři nedoporučila. Císař chtěl od sněmu potvrdit zvýšení daní na válku s Turky. Delegáti si však odhlasovali, že se bude nejprve jednat o předložené žádosti stavů podobojí a teprve pak o daních.
   

Reformisté si zvolili osmnáctičlennou komisi, po šesti osobách z každého stavu. Ta za dva měsíce připravila společnou konfesi, založenou na vyznání Augsburgském. Bylo v ní i výslovné přiznání se k Bratřím, kteří byli stále haněni. 17. května sněm Českou konfesi schválil a následujícího dne byla předložena císaři. Ten ji převzal a okamžitě žádal o schválení nových daní. Sněm však trval na jednání podle schváleného pořadu. V červnu předložili staroutrakvisté dobrozdání, že Česká konfese obsahuje „bludné učení“. Totéž konstatovali i katoličtí stavové s tím, že předkladatelé nejsou praví podobojí, ale luteráni a císař je má vyhnat. Kriticky se vyjádřili i jezuité a nuncius císaře papežovým jménem vyzval, aby učinil „rozhodné katolické prohlášení“.
   

To ovšem Maxmilián neučinil, protože by si jím zablokoval požadované zvýšení daní. A tak si v polovině srpna soukromě pozval osm zástupců stavů podobojí, kterým důvěrně sdělil, že s ohledem na svou habsburskou rodinu, papeže, španělského a francouzského krále nemůže předložené vyznání v zemi povolit. Při oficiální audienci pak stavům podobojí slíbil, že jim v jejich náboženství nebude bránit, potvrdí to ovšem pouze svým slovem. Stavové s tím vyjádřili souhlas. Požadavek uložit Českou konfesi do Zemských desek a zvolit si osoby k řízení svého kněžstva, císař slíbil zvážit a opět žádal odsouhlasení daní. To prosazovali i katoličtí páni. Zejména rytíři podobojí však trvali na respektování schváleného sněmovního pořádku.
    

1. září císař na sněmu stavy podobojí nečekaně napadl, že nevědí, co chtějí a Augsburgskou konfesi ani neznají. Někteří z přítomných se tím cítili tak dotčeni, že ohlásili své rozhodnutí sněm opustit. Tím by ovšem znemožnili jeho pokračování. Aby tomu předešel, svolal k sobě císař ještě v noci na 2. září deset předních stavovských představitelů a přednesl jim přesně stylizovanou a přítomnými zaznamenanou odpověď. Císař v ní slíbil, že arcibiskupovi a konzistoři nedovolí, aby stavům podobojí a jejich kněžím ubližovali, současně povoluje stavům zvolit si osoby, které by držely ruku nad jejich náboženstvím (defenzory). 3. září ráno šli stavové podobojí císaři hromadně děkovat a Prahou se šířila zvěst, že nastala náboženská svoboda. Sněm pak císaři schválil daně i korunovaci jeho syna Rudolfa.
    

Nejvyššího sudího císař požádal, aby stavové vytiskli Českou konfesi až po jeho odjezdu z Čech. 5. října ovšem vyšel císařský mandát zakazující její tisk a schůzky pikartů, což bylo označení Jednoty bratrské. Ale už to nebylo jako dřív. Novoutrakvisté s luterány Jednotu ujistili, že je pod ochranou České konfese. A nově zvolení defenzoři vznesli k císaři protest proti porušování jím garantovaných svobod. Právní síla ústně udělené náboženské svobody neměla váhu zemského zákona. Přesto ji však nebylo možno ignorovat, protože ji garantovalo císařovo slovo dosvědčené předními stavovskými představiteli. 12. října 1576 císař Maxmilián zemřel. Pozoruhodné je, že se před smrtí se navzdory nátlaku své rodiny nedal vyzpovídat a odmítl i poslední pomazání. Česká konfese chránila české a moravské podobojí až do roku 1609, v němž její roli převzal písemně provedený a do Zemských desek uložený Rudolfův majestát.