Hlavními veliteli povstání byli generálové Rudolf Viest a Ján Golian. Centrem povstaleckého území byla ustanovena Banská Bystrica.
Začátek SNP však vypuklo předčasně. Po zvýšení aktivity partyzánských skupin po celé zemi, obzvlášť pak po útocích proti důležitým železničním komunikacím, tunelům, obsazení některých měst i incidentu s postřílením členů německé vojenské mise požádal německý vyslanec v Bratislavě Hanns Elard Ludin Berlín o vojenský zásah. Bratislavská vláda s ním 28. srpna vyslovila souhlas; nepředpokládaná přítomnost německých vojáků na Slovensku ovšem křížila plány organizátorů povstání. Vojenské ústředí v Banské Bystrici 29. srpna večer vydalo rozkaz posádkám slovenské armády. Povstání se rychle rozšířilo a zasáhlo na 30 okresů o rozloze asi 20 000 km2 s přibližně 1,7 milionu obyvatel, kde politickou moc přebíraly nové orgány – národní výbory.
Po porážce povstání Němci zřídili "Einsatzgruppe H" se sídlem v Bratislavě. Skupina byla kombinací jednotek Sicherheitsdienstu a Sicherheitspolizei a jejím úkolem bylo pacifikovat Slovensko.Tyto německé skupiny spolupracovaly s pohotovostními oddíly Hlinkovy gardy a s oddíly četnictva. Hledaly nejen povstalce a partyzány, ale zasahovaly i proti těm, kteří jim pomáhali, i když se mnohdy jednalo o pomoc domnělou. Němci rozpoutali na Slovensku teror, při kterém byli zabíjeni nejen partyzáni, ale docházelo k masakrům civilistů, žen a dětí.
Německé oddíly, k nimž patřily i zvláštní jednotky "Edelweiss" a "Jozef" povraždily více než 5000 osob. Na Slovensku bylo vypálených 90 obcí a osad a po ukončení války bylo odkryto 211 masových hrobů. Snad k nejotřesnějším exekucím docházelo v obci Nemecká, kde Němci prováděli exekuce ve vápenné peci. Lidé byli nejprve okradeni o cennosti a poté byli popraveni ranou do týlu, přičemž jejich těla padala do rozpálené pece. Ve dnech 4. až 11. ledna 1945 zde zahynulo několik stovek osob, mezi nimiž byly i ženy, děti, osoby "rasově nevhodné," či zajatí američtí letci, kteří předtím pomáhali povstalcům. Tyto německé válečné zločiny se staly jednou z nejhorších kapitol historie Slovenska za druhé světové války.