Největšími příjemci účelové podpory základního výzkumu byly v kontrolovaných letech veřejné výzkumné instituce a vysoké školy. V kontrolovaném období obdržely celkem 15.3 mld korun. Věda samozřejmě potřebuje finanční podporu, problém je účinnost a kontrola přerozdělování peněz. Propojení vědy s potřebami hospodářské praxe, rozvoj excelentních pracovišť, péče o vědecké talenty a zánik vědecké byrokracie je bohužel stále problém. 

Kontrolní činnost NKÚ, zaměřená na správnost a transparentnost výběrových řízení, na dodržení podmínek čerpání a kontrolu průběhu řešení projektů, zjistila určité nedostatky a navrhla k odstranění příslušná opatření.  Ve svých závěrech se NKÚ ale věnuje také tomu, do jaké míry činnost GAČR naplňuje koncepční seriály v oblasti vědy, výzkumu a inovací. A dospěla k závěru, že GAČR nepodporovala větší propojení základního a aplikovaného výzkumu, nehodnotila dopady podpory a kvalitu výsledků ani u jednotlivých vědních oborů.

Systémově účinné řešení tohoto problému není snadné. Dobrý aplikovaný výzkum se pozná podle transferu a realizace výsledků v praxi a inovacích. U základního výzkumu, jehož výsledky slouží dlouhodobě pro rozvoj různých oblastí, je úzce komerční hledisko problém. Autorita státní strategie a využití mezinárodního srovnávání jsou tu nezastupitelné. U grantů je pak nezastupitelná kvalitativní role expertů a vědecké obce.

Vicepremiér Pavel Bělobrádek se chlubí, že za něj šlo nejvíce peněz na vědu v historii ČR.  ČR ale zdaleka nedosahuje intenzity výdajů do vědy a výzkumu jako země, kde se využití tohoto potenciálu skutečně daří (Skandinávie, Německo, Rakousko). A nakonec vždy rozhoduje efektivnost. Rozdělování peněz na vědu podle výsledků a nejen podle záměrů, posouvá těžiště od úředníků vědy k výkonným vědcům. Granty, dle názoru KSČM, mají především podpořit dobrý nápad a ne být základem extenzivní obživy pracovníků ve vědě.